Det trånga sundet mellan Hamnholmen och en bit av östra Sydkosters strandlinje, nämndes som Korshamn redan på medeltiden. Namnet har troligtvis uppkommit på grund av att ett ”hamnkors” var uppfört på den högsta punkten av Hamnholmen. Dessa kors var vanliga längs kusten då de markerade inlopp till bra hamnar.
Namnet Ekenäs kom till först i början av 1900-talet, då en fabrikör med namnet Julius Olsson uppförde en stor byggnad strax ovanför Korshamn. Byggnaden var menad att ta emot övernattande silluppköpare, men just då man slog upp dörrarna hade sillen plötsligt försvunnit ut till havs igen och sillfisket runt öarna avslutades. Julius vände sig därför istället till badgäster som lockades av Kosters soliga sommarväder. På tomten mot hamnen växte några utmärkande ekar. Julius bytte efternamn till Ekner och namnet på pensionatet blev Ekenäs pensionat. Namnet spreds och så småningom kallades hela området för Ekenäs, så även hamnen.
Fram till 1930-talet var Korshamn nästan helt utan ordentliga bryggor. Det var långgrunt och de flesta båtarna var förtöjda på svaj. Men bland annat på grund av ändrade fisketekniker, skaffade fler och fler Kosterbor större fiskebåtar och det behövdes en ordentlig hamn med bra tilläggningsplatser. År 1939 bildades Korshamns fiskehamnsförening och man startade ett omfattande arbete med att göra en riktig hamn. En stabil pir anlades som skydd mot nordanvinden och en stor kaj anlades för fiskebåtarna.
Snart fylldes hamnen med fiskebåtar, inte minst räktrålare. På 1970 och 1980-talet minskade dock fiskenäringen. Turismnäringen ökade samtidigt och den yngre generationen stannade hellre i land. I takt med att fiskebåtarna lämnade bryggorna, tog fritidsbåtar deras gamla bryggplatser. På 2000-talet har hamnen byggts ut både åt söder och åt norr. Det finns endast en räktrålare kvar, medan hamnbassängen översvämmas av fritidsbåtar varje sommar. Korshamn är numera mera känd som “gästhamn” än som “fiskehamn”.