Die schmale Meerenge zwischen Hamnholmen und einem Stück der östlichen Küstenlinie von Sydkoster wurde bereits im Mittelalter als Korshamn erwähnt. Name rührt wahrscheinlich daher, dass auf dem höchsten Punkt von Hamnholmen ein „Hafenkreuz“ errichtet wurde. Diese Kreuze waren entlang der Küste weit verbreitet, da sie Einmündungen zu guten Häfen markierten.
Der Name Ekenäs entstand erst Anfang des 20. Jahrhunderts, als ein Fabrikant namens Julius Olsson direkt über Korshamn ein großes Gebäude baute. Gebäude sollte Heringskäufer über Nacht beherbergen, aber gerade als die Türen geöffnet wurden, war der Hering plötzlich wieder im Meer verschwunden und das Heringsfischen rund um die Inseln endete. Julius wandte sich daher stattdessen an Badegäste, die von Kösters sonnigem Sommerwetter angezogen wurden. Auf dem dem Hafen zugewandten Grundstück wuchsen einige markante Eichen. Julius änderte seinen Nachnamen in Ekner und der Name des Gästehauses wurde Ekenäs Gästehaus. Name verbreitete sich und schließlich hieß das ganze Gebiet Ekenäs, also auch der Hafen.
Bis in die 1930er Jahre war Korshamn fast vollständig ohne richtige Brücken. Es war seicht und die meisten Boote lagen auf Schwanken fest. Aber auch aufgrund veränderter Fischereitechniken erwarben immer mehr Kosterer größere Fischerboote und es wurde ein richtiger Hafen mit guten Liegeplätzen benötigt. 1939 wurde der Fischerhafenverein von Korshamn gegründet und mit umfangreichen Arbeiten begonnen, um einen richtigen Hafen zu schaffen. Als Schutz gegen den Nordwind wurde eine stabile Mole gebaut und ein großer Kai für die Fischerboote gebaut.
Bald war der Hafen voller Fischerboote, nicht zuletzt Krabbenkutter. In den 1970er und 1980er Jahren ging die Fischereiindustrie jedoch zurück. Tourismusbranche und die jüngere Generation blieb lieber an Land. Als die Fischerboote die Piers verließen, nahmen Freizeitboote ihre alten Piers. In den 2000er Jahren wurde der Hafen sowohl nach Süden als auch nach Norden erweitert. Es gibt nur noch einen Krabbenkutter, während das Hafenbecken jeden Sommer von Sportbooten überschwemmt wird. Korshamn ist heute eher als „Gästehafen“ denn als „Fischereihafen“ bekannt.