Det smale sundet mellom Hamnholmen og et stykke østre Sydkosters strandlinje, ble nevnt som Korshamn allerede i middelalderen. Navnet har trolig sin opprinnelse på grunn av at det ble reist et "havnekors" på Hamnholmens høyeste punkt. Disse kryssene var vanlige langs kysten da de markerte innløp til gode havner.
Navnet Ekenäs ble ikke til før på begynnelsen av 1900-tallet, da en produsent ved navn Julius Olsson bygde et stort bygg like ovenfor Korshamn. Bygget var ment for å ta imot overnattende sildekjøpere, men akkurat i det dørene ble åpnet var silda plutselig forsvunnet ut på havet igjen og sildefisket rundt øyene tok slutt. Julius henvendte seg derfor i stedet til badegjester som ble tiltrukket av Kosters solfylte sommervær. På tomten mot havna vokste det noen særpregede eiker. Julius skiftet etternavn til Ekner og navnet på gjestehuset ble til Ekenäs gjestegård. Navnet spredte seg og etter hvert ble hele området kalt Ekenäs, så også havna.
Havnen, 1920-tallet. Gjestgiveriet kan sees blant trærne i midten av bildet. Fram til 1930-årene var Korshamn nesten helt uten ordentlige broer. Det var grunt og de fleste båtene lå fortøyd på svai. Men blant annet på grunn av endrede fisketeknikker skaffet flere og flere Koster-boere større fiskebåter og det trengtes en skikkelig havn med gode fortøyninger. I 1939 ble Korshamns fiskerihavnforening dannet og det ble satt i gang et omfattende arbeid med å lage en ekte havn. Det ble bygget en stallbrygge som beskyttelse mot nordavinden og det ble bygget en stor kai for fiskebåtene.
Ekenäs gjestehus i forgrunnen, på den tiden da Korshamn fiskehavn ble bygget. Til venstre er mudderskipet der moloen skal bygges.
Den store kaia er ennå ikke bygget, men over tretoppene skimtes gavlen til det nye havnemagasinet.
Det er nettopp dette passasjerbåtene vil legge til. Havnen er vernet av Hamnholmen. Snart ble havna fylt av fiskebåter, ikke minst reketrålere. På 1970 og 1980-tallet gikk imidlertid fiskerinæringen tilbake. Reiselivsnæringen økte samtidig og den yngre generasjonen foretrakk å holde seg i land. Da fiskebåtene forlot bryggene, tok fritidsbåtene sine gamle brygger. På 2000-tallet er havnen utvidet både mot sør og mot nord. Det er kun én reketråler igjen, mens havnebassenget oversvømmes av fritidsbåter hver sommer. Korshamn er nå bedre kjent som "gjestehavn" enn som "fiskehavn".
